وقایع نامه های کهن چینی برای نخستین بار از قومی به نام (کین-کن ) یاد می کنند که با قرقیز ها مشابهت زیادی داشته اند. در آن زمان قرقیز ها در بخش علیای رود ینی سئی سکونت داشتند و از این رو گاهی آنان را (ینی سئی قرقیز )می گفتند. احتمالا خط ترکی که از سده 5 تا 7 در این بخش از نواحی ینی سئی رواج داشته متعلق به قرقیز ها بوده است. قرقیزها در سال 840 دولت اویغور را در شمال باختری مغولستان برانداختند و خود اراضی میان رودهای ینی سئی و ارخن را اشغال کردند.

ختائیان به نوبه خود در سده دهم قرقیز ها را از این ناحیه بیرون راندند.اعتلای امپراطوری مغول باعث شد (13م) تا عده ای از قرقیز ها به سمت جنوب مهاجرت کنند و در عین حال عده ای در حوزه ( مینوسینسک) باقی ماندند و اعقابشان سر انجام در این ناحیه میان اقوام خاکاس و تووینی حل شدند.با این همه قرقیز ها از مدتها پیش به ارتفاعات تین شان که تقریبا معادل سرزمین کنونی قرقیزستان است، نقل مکان کرده بودند.این ناحیه در دست اقوام ترک تورکش، قرلغ قرار داشت و از سده 10 تا 12 در دست قراخانی قرار گرفت.

در سده 13 مغولها آن را فتح کردند و از این پس بخشی از اولوس جغتای نام دومین فرزند چنگیز شد. اولوس جغتای بخارا و سمرقند را هم، که از صدها سال پیش از آن با قرقیزها داد و ستد بازرگانی داشت، در بر می گرفت.

در سده 4 سرزمین قرقیز ها تحت حکومت خانات مغولستان قرارگرفت. این موضوع سبب مهاجرت عده ای از قرقیز ها به ترکستان خاوری شد. بخشی از این مهاجرین پس از آنکه منچو در سال 1758 اویراتها را شکست داد، به نواحی تیان شان باز گشتند.

گرویدن قرقیزها به اسلام از اواسط سده 17 آغاز شد. هر چند پای بندی آنها به اسلام در این ایام هنوز ریشه نگرفته بود، معهذا در اشعار حماسی خود جنگ با اویراتها را یک جنگ مذهبی می خوانند. پس از شکست اویراتها در سال 1758 قرقیزها اسماً از اتباع چینی محسوب می شدند ولی عملا قوم مستقلی بودند که تحت رهبری ماناپ ها و بای ها، خود زندگی می کردند. حرفه عمده قرقیزها گله داری و بیابانگردی بود که آنها را ناگزیر به نقل مکانهای طولانی مي ساخت. قرقیزها در اوایل سده نوزدهم مورد تاخت و تاز خانات خوقند قرار گرفتند و در دهه 1830 ناگزیر به پرداخت خراج به این خانات شدند. در چنین ایامی پای بندی قرقیزها به اسلام به سبب نفوذ خوقند ریشه دارتر شد. خانات خوقند در سال 1868 تحت الحمایگی روسیه را پذیرفت و 8 سال بعد به عنوان ایالت فرغانه ضمیمه امپراتوری  روسیه شد. روسها در سال 1862 پادگان نظامی خود را در بیشکک مستقر کردند و تا 14 سال بعد با فتح دره آلای اشغال این نواحی را تکمیل نمودند. آمدن روسها موجب مهاجرت پارخای از قرقیز ها به پامیر و افغانستان شد. در سال 1916 آسیای میانه به سبب صدور فرمان روسیه برای سربازگیری از مردم ترک، این سامان جهت خدمت در یگانهای غیر رزمی ارتش، در آشوب فرو رفت كه این عمل باز هم سبب مهاجرت عده زیادی از قرقیز ها شد، ولی مهاجران این بار به چین رفتند. پس از مدتی جنگ سخت میان ملیون قرقیز، ارتش سفید و مداخله گران خارجی از یک سو و ارتش سرخ از سوی دیگر، سرانجام قدرت شوروی در سال 1919 در قرقیزستان مستقر شد، با این حال جدال بر سر قدرت در بعضی از نواحی قرقیزستان بویژه در جنوب آن تا سال 1992 به درازا کشید. در سال 1918 جمهوری ترکستان که نواحی قرقیز نشین هم بخشی از آن را تشکیل می داد، اعلام موجودیت کرد. در مرز بندی ملی سال 1924 اراضی قرقیزنشین از ترکستان جدا شد و نام ایالت خود مختار قره قرقیز را به خود گرفت.در ماه می 1925 به ایالت خودمختار قرقیز تغییر نام داد و درفوریه 1926 به جمهوری خود مختار و در 5 دسامبر 1936 به جمهوری متحد تبدیل شد. با اصلاحات گورباچف و فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی، کشور قرقیزستان در سال 1991 موفق به کسب استقلال و به عنوان یک کشور مستقل در صحنه سیاسی جهان ظاهر شد.