جنگ داخلی پنج ساله بین دولت و گروه‌هاي مخالف که در آن حدود ۵۰ هزار نفر کشته و افزون بر یک دهم جمعیت از کشور متواری شدند، در سال ۱۹۹۷ با وساطت سازمان ملل متحد و امضای یک معاهده صلح میان طرفین خاتمه یافت.  همچنین به تأكيد كارشناسان تاجیکستان کم ثبات ترین جمهوری آسیای مرکزی است. این بی ثباتی ناشی از کشمکشها و خشونتهایی است که پس از جنگ داخلی بطور مکرر رخ داد و اثرات خود را بر کشور بر جا گذاشت. تاجیکستان از سوی همسایگان خود متهم شده که به اسلامگرايان راديكال اجازه می دهد از خاک آن کشور برای برپا کردن اردوگاههای آموزشی استفاده کنند، دولت تاجیکستان همواره این اتهام را رد کرده است. تاجیکستان به علت مشکلات امنیتی مداوم و شرایط اقتصادی وخیم خود سالها به حمایت روسیه متکی بود و تنها کشوری در منطقه بود که به نظامیان روسیه اجازه استقرار در خاکش را داد.
نظامیان روسیه تا سال 2005 محافظت از بخش عمده مرزهای این کشور با افغانستان را بر عهده داشتند، پس ازآن گارد مرزی تاجیکستان این ماموریت را بر عهده گرفت. درگیری میان نظامیان روس و مرزبانان تاجیک با قاچاقچیان مواد مخدر در مرزها امری متداول است زیرا تاجیکستان نخستین ایستگاه در مسیر قاچاق مواد مخدر از به روسیه و سپس به غرب است. اکتبر 2004 روسیه رسما یک پایگاه نظامی با چند هزار نفر پرسنل در شهر دوشنبه پایتخت تاجیکستان دایر کرد. همچنین کنترل یک مرکز تجسس های فضائی متعلق به دوران اتحاد شوروی را از سر گرفت. این اقدامات به معنای مقابله با گسترش روز افزون حضور و نفوذ آمریکا در سایر مناطق آسیای مركزي تلقی می شد. در سال ۱۹۹۲، پس از استعفای اجباری رحمان نبی اف، نخستین رهبر این کشور پس از استقلال از اتحاد جماهیر شوروی سابق، امامعلی رحمان (رحمانف) که قبلا رئیس یک مجتمع کشاورزی بود، به مقام ریاست شورای عالی تاجیکستان منصوب شد.
آقای رحمان در جریان جنگ داخلی نقش بسیار مهمی در تلاش دولت برای بیرون راندن شورشیان ملی و اسلامگرا ازشهر دوشنبه ایفا کرد. در این جهت او نه تنها از کمکهای نیروهای دیگر جمهوری های شوروی سابق استقبال کرد بلکه خود شخصا رهبری نیروهای منطقه جنوبی کولاب را بر عهده گرفت. در سال ۱۹۹۴، امامعلی رحمان به مقام ریاست جمهوری انتخاب شد. پس از اتمام دوره پنج ساله، در سال 1999 و این بار به مدت هفت سال به این مقام برگزیده شد و متعاقب آن در سال 2006 او دور سوم ریاست جمهوری خود را آغاز کرد. در سال ۲۰۰۳، مردم تاجیکستان با شرکت در یک همه پرسی در مورد قانون اساسی کشور زمینه انتخاب مجدد وی برای دو دوره متوالی هفت ساله فراهم کردند. اما ناظران نهادهای بین المللی با انتقاد ار نحوه برگزاری انتخابات و همه پرسی ها در تاجیکستان آنها را تکرار انتخابات نمایشی دوران شوروی سابق می دانند.
حکومت امامعلی رحمان به تساهل و یا میدان دادن به مخالفان شهرت ندارد. جناح تحت رهبری او، حزب دمکراتیک خلق، تقریبا تمام کرسی های پارلمان را در دست خود دارد. با این وجود او او از محبوبیت تسبتا وسیعی برخوردار است. تاجیکستان هنوز هم کشور فقیری است اما بسیاری از مردم از پایان جنگ داخلی و آرامش در کشور راضی اند. آقای رحمان متولد سال 1952 است. او در سال 2007 میلادی به شهروندان کشور دستور داد که پسوند های روسی را از نام خانوادگی خود حذف کنند. خود او که تا آن زمان نام خانوادگی اش رحمانف بود آن را به رحمان تغییر داد. آقای رحمان گفت اینکار برای فاصله گرفتن از گذشته ای است که تحت حاکمیت اتحاد شوروی بود.